쿽을 놓은 지 오래되어서 잘 기억나진 않습니다만 인디자인으로 가져왔을 때 자형이 깨지거나 다른 글자로 바뀐 곳은
아마도 확장한자로 입력된 글자가 아닌가 추측합니다.
예전 MacOS 9 시절엔  한자가 포함된 서체(윤고딕, 윤명조, 한양명조, 한양고딕)의 경우는 기본 4천8백여 자에 포함되지 않는 한자를
확장한자 팩으로 별도 제공했는데 아시다시피 거기엔 1만 6천여 자의 추가 한자가 있었습니다.

그런데 그 확장한자의 코드값이 요즘 유니코드 서체랑 달라서 골치아플 거 같네요.
윤서체의 경우에 확장한자는 MacOS 9에 호환되는 서체에만 있고 요즘 서체는 한자의 글자 가짓 수와 범위가 달라진 거 같더라구요. 
따라서 다른 출판 소프트웨어에서 (한자가 포함된 Quark 3.3 도큐멘트를) 텍스트 파일로 받아들였을 때
한자가 제대로 변환되지 못하고 깨지거나 엉뚱한 글자로 바뀌는 일이 생깁니다. .
예를 들어, 인디자인에서 유니코드 적용 서체로 재지정을 해줘도 코드값이 다르다보니 같은 모양의 글자로 바뀌지 않는 거지요.
위에서 예시해주신 그림처럼 말입니다. 

제 일천한 경험이나 지식으로는 별 수 없이 수동으로 재입력해야 할 거 같습니다.
그런데 이 방법을 사용한다 하더라도 인디자인에서 본문으로 지정된 서체가 만약 윤명조라면
아마도 재입력하고자하는 한자를 지원하지 못하다보니
그 글자만 (해당 자형을 제공하는) 다른 서체로 지정해줘야 하는 경우도 있을 수 있겠네요.
같은 명조 계열이고 비록 한자라고 하지만 자형의 크기나 굵기, 상하 위치 및 앞뒤 간격이 미묘하게 달라지겠지요.
따라서 (족보 작업이라면) 가능한 많은 한자를 지원하는 서체를 본문 서체로 선택하는 것이 편리할 거 같아요.
 
말만 길게 했지 정작 적절한 해결 방법을 알려드리지 못해서 미안합니다.

ssenja님 혹시 3.3쿽 파일을 PDF로 변환하고 PDF파일을 복사 붙이기 하는 방식으로는 불러올 수 없을까요? ㅎㅎㅎ

제 짐작으론 안 될 걸로 보이는데 왜 안 되는 지는 잘 모르겠네요. ㅋ
일단 해보시는 걸 추천드립니다.
쿽 3.3 도큐멘트를 PDF로 가장 수월하게 변환하려면 역시 ez PDF Gate로 하는 게 좋을 텐데
PC에서 돌아가는 이 프로그램을 여태 사용하는 지 궁금합니다.

하여튼 고생 많으십니다.
저도 예전에 시리즈로 출간되는 엄청난 물량의 고전 한적 조판 작업을 한 적이 있었는데
확장한자에도 없는 한자를 입력하기위해
300여 자 이상의 희소 한자를 일러스트에서 명조와 해서체로 두 벌씩 그려서 사용한 적이 있어요.
엄밀하게 말하자면 그렸다기보단 (같은 모양의 자소를 갖고 있는) 글자들을 취합해서 윤곽선을 추출해서 분해하고
필요한 자소만 골라서 재조합하는 방식으로 그렸지요.
해놓고보니 꽤 품질이 괜찮은 거 같아서 나중에 다른 작업에서도 활용할 수 있을까싶어
꽤 오래 보관해 놓다가 구형 맥을 폐기하면서 함께 없어져 버렸네요.

첨단 디지털 정보화 시대에도 삽질은 여전히 필요하다는 점! ㅋ

ssenja님 답변 감사합니다. 저도 그렇게 알고는 있는데 혹시나 익스텐션 같은 플러그인으로 해결할 방법이 없을까 하고 문의해봤습니다.
너무 많은 곳이 깨져서 전부 새로 입력해야 할 정도로 난이도가 높네요..에휴...ㅎㅎㅎ
암튼 감사합니다.

세상에.... 저는 사장님이 가끔 10년도 넘은 데이터를 씨디에서 찾는게 일인데 ㅎㅎㅎ 이건 정말 힘드시겠어요

우선 서체를 중국어 번체로 변경하신후수동작업을 빨리 착수하시는게 좋습니다.
(중국어 번체 계통 서체로 변환 안되어있으면 수동작업은 하나마나입니다)

원본에 변경이 없다면 원래 작업했던 소프트웨어에서 그대로 볼수 있겠으나
텍스트파일로 보내면 그 텍스트파일의 내용은 이미 글자가 바뀐 상태가 됩니다.

수동작업은 보통 한글 한자 변환으로는 없는 글자가 많으며
아이패드나 아이폰에서 중국어 필기인식 입력기로 메모장에 한자를 쓴 후
가장 정확한 글자를 입력해두고 그 내용에 따라서 한글자씩 깨진 글자에 대체하여 복사 붙여넣기 하시면 됩니다.

저에게는 쉬운일이라 원고 스캔본과 텍스트파일만 있어도 대신해 드릴수는 있지만
위에서 제시한 방법대로만 하시면 충분히 스스로 가능하리라 생각합니다.
저는 이런글에서 오타도 찾아서 교정해야 합니다. 한문 교정 보려면 한문을 조금은 알고있어야 하지요.

추가적인 사항은 한중일 통합한자 확장이란게 있는데 이게 유니코드에만 지정되어 있지 서체도 거의 없고 입력기가 아닌 유니코드 지정으로만 입력이 된다 보시면 됩니다. 
이게 주로 고문헌 중에서 여유당전서같은 고한자를 즐겨쓰는 문헌에 나오는데 그 수는 5만자 정도에 달하며 한자수의 절반에 이릅니다.