PDF만들때 자동으로 PDF파일이 열리게 옵션을 해놓으셔서 그런것 같습니다.
먼저 만들어둔 PDF파일을 삭제하시거나 다른 이름으로 저장하시면 됩니다.

헐..그건..

씨소님! 그런 문제는 아닌것 같아요~ 기존에 파일을 없애고 달리 저장을 해봐도 똑같은 경고창이 떠요!
다른 파일들은 이상없이 전환되는데, 저것만 그런걸로 봐서는 무언가 다른 문제가 있지 않을까요?!

작업이 다 날라가는건가요.... ㅠ_ㅠ

상단 메뉴 > 윈도우에서 배경작업 패널을 띄워서 인디자인이 백그라운드에서 무슨 짓을 하고 있는 지 확인해 보시고, 관련 프로세스를 중단해 주시면 됩니다.
백그라운드 프로세스를 일본어로 그대로 바꾼 뒤에, 그걸 한글로 바꿔서 외계어가 되버린 경우 중에 하나입니다.

이런 것을 보면 도데체 어도비 코리아는 뭐하는 곳인지 모르겠더군요.
버그 수정 요청하면 자기네는 아무 힘 없다는 소리나 하고 말입니다. -_-;;

성진홍님 말씀대로 윈도우의 배경작업을 봐도 아무런 다른 여타의 진행은 안보입니다.
이거 숙제네요!^^
배경작업...
열심히 풀어서 결과물 올려드릴께요~

해결되셨나요?
제경험에서는 인디자인 5버전에서 저장을 하면 저장이 완료되지 않아도 계속 이어서 작업을 할수 있게 배경에서 저장이 되더라고요.

기다리면 저장완료되거 닫혀지는 것 같아요..

어어;; 이러면 안되는데 저도 나이가 좀 먹으니까 컴으로 하는게
일밖에 없어서 ;;; 아이맥으로 가볼까 생각중이거든요...(CS6 골수사용자)

헐;;;;;