현재 원인을 알수 없지만..그렇게 데이타를 복사하지 말고..
두 도큐멘트를 열어넣고..도큐1에서 도큐2로 복사할 대상을 드래그하세요.
자동으로 복사가 쉽게 되어집니다.

fxg파일로 저장한 후 다시 오픈하셔서 ai로 저장하시면 말끔히 해결됩니다.
단, RGB모드로 변환되어 컬러값을 수정해줘야하는 번거로움이 있지만, 저도 그문제때문에 그간 고생한거에 비하면 오히려 작업시간이 단축되더군요;ㅁ;