컬러번호가 틀려서 출력이 안되는게 아니라 2도가 아닌 3도로 출력된다는 말이고요.
별색이라고 해서 특별한 작업방법이 있는건 아닙니다.
색이 서로 완전히 틀려도 이름만 통일시켜주면 하나의 별색으로 인식됩니다.
둘 중 하나의 컬러명을 임의대로 바꿔주거나 둘다 같은 이름으로 바꿔도 됩니다.
단순히 생각해서 컬러명을 1이나 A 또는 내별색이라고 지정해도 전혀 문제되지 않습니다.
인쇄소에만 올바른 컬러견본을 제공해주면 됩니다.

덧글 감사합니다~
인쇄소랑 다시 통화를 하니 자체내에서 해결했다고 하네요.

근데 인디자인에서는 별색(DIC)으로 작업한 컬러명을 바꿀수 있나요?
해볼려고하는데 안되네요..^^;;

색상을 더블클릭하면 바꿀 수 있어요.

5.5영문판을 쓰는데요..
DIC별색으로 등록된 색상은 더블클릭해도 name변경은 안되네요..ㅠㅠ

_mk_별색 컬러도 세월의 흐름에 따라 업그레이드 되면서 컬러번호가 바뀌는 경우가 많습니다.

말씀히신 경우도 이에 해당되구요.
컥3.3의 컬러칩을 업데이트 해 주시면 이 문제를 원천봉쇄할 수 있습니다.
일러스트레이터에서 해당 컬러북을 eps로 저장하신 후 이것으로 대치하시면 됩니다

인디자인 자체 컬러라면 색상옵션에서 색상모드를 CMYK로 변경 후 이름을 바꿔주면 됩니다.
색상유형만 별색(Spot)으로 유지되면 문제되지 않습니다.