가장 간단한 방법이라면
'페이지 설정' 대화창에서 각종 설정을 해준 다음
(물론 이 때 'Flip Horizontal'  선택 해제도 해줍니다)
Quark 도큐멘트로 돌아와서 바로 저장을 한 번 해주면,
다음에 그 도큐멘트를 열 때, '페이지 설정' 사항들이 유지되어 있을 겁니다.

안되던데요..;;

음...... 그것 참...... 난감한 일이네요.

'페이지 설정'에서 어떤 (기존 설정 내용을 변경시키는) 설정을 하고 나와서
Quark 도큐멘트 상에서 메뉴를 열어보면.
'저장' 명령이 활성화되어 있을 것이고, 그 때 그 저장을 해주면
'페이지 설정'에서 설정한 사항들이 저장 유지되는 것이 정상입니다.

지금 답변하신 것으로만 보자면,
'페이지 설정'에서 변경한  설정 사항들이 Quark 도큐멘트 상에서 아예 저장이 안된다는 것인지,
아니면, '저장' 명령이 활성화되어 있고 또 저장은 되는데,
다음에 그 도큐멘트를 열어보았을 때, 저장할 당시의 변경된 설정사항이 안먹혀 있다는 것인지를
판단하기는 어렵습니다만......


Quark 3.3K에서는 '프로그램의 오작동' 문제가 생겼을 때,
각각의 원인에 따른 세부적인 맞춤 해결이 몹시 어려운 경우가 꽤 많습니다.

아시다시피 이런 오작동이나 에러 문제가 생겼을 때, 일반적이고 상투적인 해결 방법이 있는데,
그건  'XPress Preferences'를 휴지통으로 버려서 지워주고,
다시 Quark 3.3K를 실행해서 확인해 보는 방법입니다.

또다른 상투적인 방법이라면,
문제가 있는 Quark 3.3K 폴더를 전부 지워버리고,
이상없이 작동되는 것이 확인된 컴퓨터의 Quark 3.3K 폴더를 복사해와서 새로 깔아주고,
말씀하신 그런 문제를 다시 한번 확인해 보는 방법이 있습니다.

질문해주신 문제에 대한 정확한 답변이 되지 못해 죄송합니다.
다른 분들의 정확한 답변을 더 기다려 보시기 바랍니다.