아래버젼으로 저장하는건 조금 부담되실 겁니다.
모든 기능을 완벽하게 호환되게 했는지 일일이 확인작업도 하셔야 할거구요.
pdf로 하시는 것이 좋을듯 합니다.

PDF로 만들어서 출력하는게 훨씬 좋을텐데요...6.5를 궂이 4점대로 낮춰서 저장하시려는걸 보니 출력문제때문에 그러시는 모양이신데...그럴필요 전혀 없구요.
그냥 PDF로 만들어서 필름출력하시면 다 됩니다. 전 인디자인 CS2로 작업했어도 PDF로 만들어서 필름출력하는데 별 문제 없었습니다.

상위버전에서 하위버전으로 저장할때,
상위버전에서만 가능한 기능이나 옵션이 없는 상태라고 해도 사소한 문제가 생길 수 있습니다.
저희도 3.3과 4.1R2 그리고 6.5를 모두 사용하고 있는데요,
하위버전으로 저장할때 칼라값이 틀려지는 등 사소한 버그가 많이 발견됐습니다.
인큐브테크측에 버그리포트를 보내도 소용이 없더군요.
6.5는 6.5.1 업데이트가 나왔으니 업데이트를 꼭 해주시구요.

6.5를 4.버젼으로는 아무 문제 없습니다.
4.버젼을 3.3버젼으로하면 모를까...