B가 출력용 파일모으기로 모은거면 B만 가지고 출력 확실히 됩니다.
저는 보통 B를 그렇게 생성한 뒤에는 A를 버립니다. 그후에 B를 가지고 수정작업을 합니다. A를 그렇게 살려두시면 사고 위험이 높습니다.

레이어로 사용한 파일을 다 살려놓으시고 A는 삭제 하시는게 좋을듯 싶습니다.

저도 폴더안에 PSD레이어 작업은 폴더 따로만들어서 저장해놓고 A폴더의 경우 삭제를 해놓습니다. 귀찮아도 확인도 할겸 정확해지거든요
출력모음한 B출력파일은 어짜피 알아서 경로찾아서 다 돼니까 걱정안하셔도 돼는데 A를 버리는건 꼭 확인하셔야합니다. 출력모음시 양호하다고 뜨면 양호입니다 ^^

저는 가급적 원본과 출력모으기용을 따로 보관하는데 원칙은 절대로 모으기한 쿼크로는 수정을 하지 않는다..입니다. 출력모으기 한 다음에는 정말 왠만하면 수정을 안하는게 좋고 수정을 해야한다면 다시 원본으로 돌아가 수정하고 모으기를 다시 합니다..

hockney님 의견에 공감합니다.
출력용 파일모으기란 기능은 출력실에 보내려고 할때만..작업을 해야합니다.
그래야 여러가지 오류를 방지할 수 있습니다. 항상 수정은 원본에서 하시고 맨 마지막에 출력용 파일 모으기를 하시기 바랍니다.^^

혹시모를 경우를 대비해 저도 원본을 버리지 않고 나두는 편인데
그림 수정시 간혹 일이 벌어지곤하죠
원본 폴더에 파일들을 버리실게 아니라면
그냥 파일 이름을 확인하고 출력모음 한 폴더에서 직접 열어
수정하시는게 가장 좋을것 같습니다.

경로가 어떻든 출력모으기 하셨으면 이상없어요. 유실된거 없이 다 양호로 뜬다면 출력 OK

컴퓨터가 두대 있으면 최종 파일 확인이 편리합니다. 네트웍등으로 파일모으기 한 폴더B를 다른 컴으로 옮겨 열어 보면 갱신여부를 묻는 문구가 뜹니다. 
갱신을 클릭하고 전체 내용을 확인 후 이상이 없으면 출력 내보내셔도 됩니다. 그러나 출력모으기 후 이미지를 수정하셨다면 반드시 폴더A의 파일을 폴더B에 카피해 주셔야 합니다.